Okay, lá vai minha primeira (e espero que de muitas) postagem.
Começo com uma dica, para os estudantes/entusiastas das ciências químicas. Atualmente é possível ter acesso gratuitamente (nada de pirataria) a excelentes softwares, tanto visualizadores como programas que realizam cálculos robustos como minimização de geometria, cálculos de potenciais eletrostáticos etc... Para este blog utilizarei apenas softwares livres ou livres para fins acadêmicos, grande parte deles estão disponíveis nos repositórios do Ubuntu/Debian.
Na página: http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ você vai encontrar um lista quase interminável de softwares disponíveis (lembrando que muitos deles você também vai encontrar para windows, caso não utilize linux).
Minha lista de sugeridos para os novatos é:
Gabedit – é outra plataforma que visualiza, edita estruturas e faz interface com vários programas para calculos ab inicio e semi-empíricos. É opensource e também pode ser encontrado nos repositórios do Ubuntu.
http://gabedit.sourceforge.net/
Avogadro – é um visualizador bastante elegante, com uma série de recursos, e faz interface com firefly e MOPAC. É opensource e pode ser encontrado nos repositórios do Ubuntu/Debian.
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
MOPAC2009 – para cálculos quânticos semi-empíricos, este software é livre para uso acadêmico e fácil de ser obtido. Não possui interface gráfica própria.
Firefly (antigo PC GAMESS) - pra cálculos quânticos ab inicio, este é um software de uso acadêmico livre, é muito robusto e rápido. Não possui interface própria.
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html .
Ghemical 2.98 – é outro software livre com uma série de recursos (bastante didáticos), minimização de energias por campos de força, cálculos semi-empíricos (com MOPAC7) e ab inicio (Usando MPQC), cálculo de potenciais eletrotáticos entre outros, porem tende a consumir muito mais tempo de maquina que os demais o que o torno inviável para procedimentos mais exigentes.
http://www.uiowa.edu/~ghemical/
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